1. Coloca los chiles poblanos en una bandeja grande para hornear forrada con papel de aluminio. Para asar adecuadamente, coloca la rejilla del horno directamente debajo del asador y enciéndelo.
2. Asa los chiles poblanos durante 5 minutos o hasta que la piel esté negra y con ampollas. Voltéalos con cuidado y ásalos durante otros 5 minutos, o hasta que la piel esté negra y con ampollas.
3. Retíralos del horno y cubre la bandeja para hornear con papel de aluminio o envoltura de plástico, sin apretar, para mantener algo del calor y ayudar a que se cocinen al vapor. Déjalos reposar durante 5 minutos.
4. Pela y retira la mayor cantidad posible de piel de los pimientos. No tienen que quedar perfectos, solo retira tanto como puedas.
5. Haz un pequeño corte en el medio de los pimientos con un cuchillo. Si no quieres que los pimientos sean demasiado picantes, puedes quitar algunas de las semillas; sin embargo, los chiles poblanos no suelen ser muy picantes. 
6. Rellena con cuidado los pimientos con el queso. Algunos de los pimientos serán muy frágiles debido al proceso del asado y pueden romperse, pero no importa. 
7. Cierra con cuidado la abertura de los pimientos y asegúrala con palillos de dientes. Usa tantos como necesites para asegurarte de que el queso no se derrame mientras se fríen. Resérvalos.
8. Calienta el aceite para freír en una cacerola grande o sartén profunda a fuego medio/alto. Cubre una bandeja para hornear con toallas de papel y resérvala. Mientras el aceite se calienta, prepara la masa.
9. Para hacer la masa, separa las claras de huevo de las yemas en dos recipientes separados: las claras en un bol grande para mezclar y las yemas en un recipiente pequeño. Con una batidora de mano eléctrica, bate las claras de huevo hasta que estén a punto de nieve.
10. Mientras continúas batiendo las claras de huevo a velocidad lenta, agrega las yemas de huevo, una a la vez, hasta que todas estén completamente mezcladas. La masa debe estar liviana, esponjosa y blanda.
11. Para cubrir los pimientos, mezcla la harina y la sal en un bol o plato poco profundo aparte. Enrolla cuidadosamente los pimientos rellenos en la mezcla de harina, luego dales un golpe ligero para eliminar el exceso. Luego sumérgelos en la masa de huevo y colócalos con cuidado en el aceite caliente para freír.
12. Fríe los pimientos durante 3 a 5 minutos por cada lado, hasta que la masa esté dorada y crujiente. Trata de no abarrotar la sartén con los pimientos; lo mejor es colocar uno o dos a la vez, dependiendo del tamaño de la sartén. 
13. Transfiere los pimientos a la bandeja para hornear forrada, para escurrir el exceso de aceite.
14. Para hacer la salsa roja, mezcla los tomates, la cebolla, el ajo, el jalapeño, el cilantro y la sal kosher en una licuadora. Haz puré hasta que la mezcla quede homogénea. Calienta el aceite de oliva en una cacerola pequeña a fuego medio/alto. Agrega la salsa licuada y deja hervir. Reduce el fuego a bajo y cocina a fuego lento, revolviendo ocasionalmente durante 8 minutos. Retira del fuego, prueba y añade más sal si lo deseas.
15. Sirve los chiles rellenos de inmediato, en un plato con la salsa roja, aderezados con cilantro recién picado y un poco de queso Cotija. Es más fácil quitar los palillos de dientes al empezar a cortar los pimientos, o retirarlos justo antes de servirlos en los platos.